Shinobi (忍) atau Ninja (忍者)

Dalam suatu wawancara, Kishimoto pernah ditanya wartawan Amerika tentang ninja dalam Naruto. Sepanjang pengetahuan si Wartawan, Ninja identik dengan baju hitam dan menutup semua anggota tubuh kecuali mata. Mengapa di Naruto tidak ada ninja seperti ini. Masashi Kishimoto menjawab bahwa ia ingin membuat ninja gaya baru yang lebih trendy.

Shinobi atau ninja (dalam anime kadang disebut ninja kadang shinobi, namun artinya sama saja) adalah kekuatan militer suatu negri yang biasanya dididik di desa tersembunyi di suatu negri. Dalam sistem kepangkatan, Ninja di bedakan menjadi  Murid akademi-Genin-chuunin-Tokubetsu jounin – Joounin. Selain itu terdapat kelompok-kelompok ninja lain.
Murid akademi.
Calon ninja biasanya akan mengikuti Akademi Ninja. Disana mereka akan diberikan pengetahuan dasar untuk menjadi seorang ninja. Di akademi mereka akan berlatih ninjutsu dasar seperti bunshin, henge juga taijutsu dasar seperti melempar kunai dll. Murid akademi biasanya mendaftar ketika berusia enam tahun dan normalnya akan lulus setelah menjalani enam tahun masa pembelajaran.  Namun tak jarang seorang yang sangat berbakat mendaftar akademi pada usia dibawah enam tahun dan banyak diantara murid akademi yang bisa lulus dengan waktu tempuh dibawah enam tahun.
Di akhir masa akademi, murid akademi akan diberikan ujian yang materinya bisa jadi tak sama untuk tiap tahunnya. Pada tahun kelulusan Naruto, ujiannya adalah melakukan Bunshin no Jutsu. Murid yang lulus akan diberikan sebuah hitai ate atau ikat kepala yang berlambangkan desa mereka. Hitai ate tersebut adalah tanda bahwa mereka telah sah menjadi ninja. Hitai ate sendiri umumnya dipasang di kepala namun beberapa ninja memakainya di tempat lain.
Genin (下忍)
Setelah lulus akademi, ninja mendapat pangkat Genin (ninja bawah). Biasanya mereka akan dikelompokkan dalam Three Man Cell atau Tim Tiga Orang dan dibimbing oleh seorang Jounin Sensei. Calon Jounin Sensei berhak memberikan ujian tambahan pada calon Genin bimbingannya. Pada masa ini, ninja biasanya akan menjalani misi-misi sederhana.
Pemilihan anggota dalam three man cell menurut Iruka adalah berdasarkan keseimbangan dalam tim. Dalam satu tim akan ada anggota yang diatas standar dan dibawah standar. Namun penggabungan Naruto dan Sasuke nampaknya disengaja oleh Sandaime Hokage. Saat Godaime Hokage melihat profil Tim Asuma, Godaime Hokage menyakan ia mengerti mengapa Sandaime mengelompokkan mereka. Hal ini pun menjadi petunjuk bahwa Hokage berhak menentukan siapa bersama siapa.
Chuunin (中忍)
Chuunin berarti ninja tengah. Untuk menjadi seorang Chuunin, Genin wajib mengikuti ujian Chuunin. Saat ini ujian chuunin dilakukan dua kali dalam setahun. Sejak beberapa tahun terakhir, ujian chuunin dilakukan secara internasional. Hal ini sebenarnya dimaksudkan sebagai mengganti perang yang sering melanda dunia ninja. Di ujian chuunin inilah para negri mempertontonkan kebolehan militernya masing-masing. Negri dengan militer yang kuat akan menjadi daya tarik untuk calon klien dalam mendaftar misi dan akan mendongkrak devisa negara. Perlu diketahui bahwa dalam dunia Naruto, industry misi ninja merupakan penghasilan utama suatu negri. Belum diketahui dengan jelas bagaimana dengan sektor lain.
Pada tahun Naruto mendaftar, dan saat Naruto kembali ke Konoha pasca perjalanan bersama Jiraiya, ujian chuunin diselenggarakan di Konoha. Belum diketahui jelas kapankah ujian chuunin diselenggarakan diluar Konoha.
Sebelum ujian chuunin diselenggarakan secara internasional, suatu kejadian buruk pernah terjadi Kiri Gakure. Peserta ujian membunuh semua peserta lain. Hal itu membuat Kiri Gakure mereformasi sistem pelaksanaan ujian chuunin di desanya.
Pada pangkat chuunin, seorang ninja secara sah berhak memimpin suatu misi. Biasanya adalah misi dimana anggota lainnya adalah genin. Pada pangkat ini, ninja diberikan symbol identitas tambahan berupa jaket khas shinobi. Sebagian besar ninja menggunakannya, namun sepertinya hal ini bukanlah kewajiban untuk menggunakannya.
Jounin (上忍)
Jounin berarti ninja atas. Pangkat jounin di asumsikan sebagai pangkat tertinggi dalam kemiliteran di dunia Naruto. Kage bukanlah kepangkatan karir, namun jabatan pemimpin yang kebetulan berada diatas jounin. Seperti presiden yang otomatis panglima tertinggi TNI, namun tidak mengharuskan presiden itu harus jendral.
seorang jounin yang memiliki kemampuan menggunakan dua elemen chakra adalah hal yang lumrah. Namun hal ini bukanlah persyaratan menjadi jounin. Untuk menjadi jounin, diadakan ujian jounin yang diadakan di desa masing-masing.  Pangkat jounin juga mengizinkan seorang ninja untuk menjadi jounin sensei dan membimbing genin dalam four man cell. Menjadi Jounin sensei bukanlah kewajiban. Daftar genin bimbingan Kakashi sebelum Naruto cs adalah kosong yang menandakan Kakashi belum pernah menjadi jounin sensei sebelumnya. Kurenai yang baru menjadi jounin langsung dipercaya menjadi jounin sensei. Kakashi dan Neji yang telah Jounin masih terlibat misi bersama tim lamanya.
Tokubetsu Jounin (特別上忍)
Tokubetsu jounin berarti ninja tinggi urusan khusus. Mereka adalah para jounin yang memiliki kemampuan khusus. Menurut databook 1, dalam rantai komando Tokubetsu jounin berada dibawah jounin. Kelihatannya mereka adalah ninja yang memiliki kemampuan khusus dibidang tertentu diatas rata-rata namun mereka bisa dari pangkat apa saja. Dengan kata lain bisa saja mereka adalah chuunin atau bahkan genin yang punya kemampuan khusus kemudian ditetapkan secara khusus tanpa ujian oleh Kage. Namun hal tersebut bukan berdasarkan informasi resmi. Contoh tokubetsu Jounin adalah Morino Ibiki yang spesialis dibidang interogasi.
ANBU (暗部)
ANBU adalah kependekan dari  ANsatsu Senjutsu Tokushu BUtai (暗殺戦術特殊部隊) yang berarti Pasukan Khusus Taktik dan Penyerangan.  Seorang ANBU biasanya akan menggunakan topeng binatang. ANBU menggunakan serangam khusus dan memiliki tato khusus.
ANBU bukanlah kepangkatan militer karir namun organisasi khusus yang berada langsung dibawah Kage. Masing-masing Gakure no Sato mempunyai ANBU masing-masing.  Tidak diketui dengan jelas apakah seorang ANBU harus menjadi jounin atau tidak. Namun bisa dipastikan bahwa Itachi dan Kakashi berpangkat Jounin namun belum ada bukti otentik bahwa Sai adalah Jounin.
Konoha Gakure mempunyai cabang khusus dalam ANBU. Cabang ini dinamakan Ne dan dibentuk oleh Danzou. Cabang ini kini telah dibekukan namun sisa-sisanya masih aktif. Saat invasi pain ke Konoha, seluruh anggota ANBU Ne bersembunyi di bawah tanah dan merencanakan makar. Satu-satunya anggota ANBU Ne yang tidak berada dibawah tanah adalah Sai.
Iryonin (医療忍)
Iryonin artinya ninja medis. Ini adalah kelompok ninja yang memfokuskan diri pada bidang medis. Menjadi iryonin sangat dibutuhkan intelegensia yang tinggi dan pengaturan chakra yang bagus. Seorang iryonin dididik untuk tidak terluka dalam pertempuran karena mereka lah yang akan bertugas menyembuhkan ninja yang terluka. Tsunade adalah iryonin terhebat yang digambarkan dalam kisah Naruto.
Oinin (追い忍)
Oinin berarti ninja pemburu. Mereka adalah tim Khusus dalam ANBU Kiri Gakure. Tugas mereka adalah memburu para nukenin dan membawa kepalanya sebagai bukti. Tugas tambahannya adalah memusnahkan badan nukenin tersebut. Hal ini untuk memastikan bahwa mayatnya tidak jatuh ketangan musuh. Sebab bisa saja mayat nukenin tersebut mengandung informasi jutsu yang bisa menguntungkan lawan. Seorang Oinin mempunyai pengetahuan yang sangat tinggi dibidang anatomi tubuh manusia.
Ryorinin
Ryorinin berarti ninja pemasak. Mereka adalah ninja yang punya keahlian khusus dalam memasak. Menurut Choji, ninja ini hanya terdapat di Kumogakure. Tugas mereka adalah membuatkan makanan bagi ninja yang sedang menjalankan misi. Namun karena dianggap tidak relevan, kelompok ninja ini dihapus.
Salah satu anggotanya, Hakaku, berhasil menciptakan obat yang membuat ninja tak berhenti makan dan menjadi gemuk.
Kurirnin
Kurirnin adalah organisasi para ninja yang mendirikan perusahaan yang bergerak dibidang pengantaran jasa. Setiap anggota akan diberi nama berupa nomor identitas. Menurut 596-03, perbedaan mereka dengan tukang pos biasa adalah mereka mengantarkan kiriman barang dengan professional. Dan dengan kemampuan ninja yang mereka punya, maka barang akan lebih aman.
Nukenin (抜け忍)
Nukenin artinya ninja yang hilang. Mereka adalah para ninja yang meninggalkan desa mereka. Biasanya karena melakukan kejahatan didesanya dan lari keluar.
Kelas S
Kelas S bukanlah kepangkatan dalam ninja. Kelas S adalah klasifikasi dari seorang Jounin yang diakui sangat hebat dan diyakini mempunyai kemampuan setara seorang Kage. Baki menyatakan bahwa Akatsuki terdiri dari criminal Kelas S
Three Man Cell/ Four Man Cell
Ini adalah istilah dalam operasi kemiliteran ninja di dunia Naruto. Three Man Cell artinya tim tiga orang. biasanya hal ini merujuk pada kelompok genin yang biasanya terdiri dari tiga orang. Four Man Cell artinya tim empat orang. biasanya ini merujuk pada kelompok genin bersama jounin sensei mereka. dalam kasus khusus bisa saja suatu misi berisi banyak lebih dari empat anggota.
Niju Shotai
Niju Shotai artinya kelompok dua puluh. Niju Shotai adalah kelompok ninja khusus bentukan Godaime Hokage. Mereka Khusus dibentuk sebagai tanggapan atas meningkatnya aktifitas Akatsuki. Tugas mereka mencari tahu tentang kegiatan Akatsuki dan menangkapnya jika memungkinkan. Niju Shotai terdiri dari Jounin dan Chuunin pilihan Godaime Hokage. Satu-satunya Tim Niju Shotai yang berhasil berhadapan langsung dengan Akatsuki adalah Tim Asuma. Tim Raido sempat datang sebagai tim bantuan.